Организационная структура АНО ДПО «Южно-окружной центр повышения квалификации» с достаточной эффективностью обеспечивает организацию и ведение учебно-воспитательного процесса и методической работы.
Управление АНО ДПО «Южно-окружной центр повышения квалификации» осуществляется в соответствии с Законодательством Российской Федерации, Уставом АНО ДПО «Южно-окружной центр повышения квалификации».